13. Jahrhundert
Zwischen 1240 und 1277 wurde die Burg erbaut (als Burg Clopp erwähnt, zunächst Drusenburg) und diente zunächste als Wohnsitz eines Klerikers und Verstärkung der Kurmainzer Zollbarierre ( Burg Klopp - Burg Ehrenfels – (später) Mäuseturm). Die Fundamente des Burgfrieds und der ca. 52m tiefe Brunnen der Burg sind vermutlich aus römischer Zeit. 1438 an das Mainzer Domkapitel verkauft, diente die Burg Klopp dann als Zwingburg. Im 30jährigen Krieg wurde die Burg zerstört und im Jahre 1653 wieder aufgebaut.
1689 im Verlauf des Pfälzischen Erbfolgekrieges wurde die Burg erneut zerstört, dieses Mal von den Franzosen. 1711/12 wurden die Reste im Spanischen Erbfolgekrieg durch die Mainzer Besatzung gesprengt. Man wollte die Nutzung durch den Gegner verhindern.
19. Jahrhundert
Im Zuge der Rheinromantik erhielt die Burg Klopp ihr heutiges Aussehen
Im Jahr 1853 wurden Teile wie Brücke, Torhaus, Wehrgang und Bergfried durch Ludwig Maria Cron wieder aufgebaut. Zwischen 1875 und 1879 ließ der Architekt und Bürgermeister Eberhard Soherr dann das neugotische Hauptgebäude errichten.
Seit 1897 ist die Burg Klopp der Sitz der Stadtverwaltung der Stadt Bingen am Rhein.